Capodacqua è una frazione del comune d’Assisi ed è posta sule pendici meridionali del Monte Subasio. Ancora in epoca romana l’area sud-occidentale del Subasio ( comprendente, quindi, anche il territorio attuale di Capodacqua nella sua parte più bassa ) era occupata da un lago: il Lacus Umber, che era ciò che restava dell’antico Lago Tiberino. Il suo definitivo prosciugamento è avvenuto solo nel secolo scorso, con le ultime modifiche della pianura, in particolare lungo il corso del Tabito – Ose.

Il nome del paese deriva dal gran numero di sorgenti che si trovano nella zona: Fonte Bregno, che prende il nome dal fatto che serviva da “bregno”, vale a dire da abbeveratoio per animali; Fonte Malvarina, che dovrebbe chiamarsi così perché situata in una zona dove vegetava in abbondanza la malva; Fonte di Capodacqua; Fonte S. Benedetto, che si trova vicino all’ononima abbazia; Fonte Cannella, sinonimo di “fonte” o “rubinetto” per la distribuzione regolata dell’acqua; Fonte Pallotta, che dovrebbe derivare dal soprannome del proprietario o di un vicino; Fonte Sermattei, perché situata nella proprietà dei conti Fiumi – Sermattei d’Assisi. Per l’abbondanza di sorgenti e la felice posizione sulle prime pendici del Subasio, che le consente di essere protetta alle spalle dai venti freddi e di godere in tutto il suo territorio dell’esposizione a mezzogiorno, Capodacqua fu di certo abitata fin dai tempi più antichi. Almeno cinque epigrafi lapidarie latine, rinvenute negli ultimi secoli, testimoniano che la zona fu interessata da insediamenti romani (attualmente le lapidi rimaste si trovano esposte al Museo Romano di Assisi ).

Nel 1232 troviamo che Capodacqua, con i suoi 40 focolari, era una “bailia”, circoscrizione territoriale del contado di Assisi, con a capo un “Baiulus”. In epoca medievale alle spalle di Capodacqua sorsero due castelli: quello di Sassorosso, così chiamato dal nome di uno scoglio posto sulle pendici del Monte Subasio e quello di Sasso Palombo, anch’esso abbarbicato ad uno scoglio sul quale erano soliti posarsi i colombi. Sassorosso, inoltre, era posto su luogo di confine e Federico Barbarossa nel 1160 stabilì che chiunque transitasse in questa zona, dovesse pagare un pedaggio. Oggi, delle antiche glorie, non restano che i ruderi. Da fonti documentali certe si sa che nel 1407 i rappresentanti si radunavano davanti alla chiesa di S.Rufino di Assisi, presso i leoni di pietra, per nominare il proprio rappresentante nella comunità di Assisi. Sempre in epoca medievale, sulla costa meridionale del Monte Subasio, sorse l’importante Abbazia di San Benedetto. Fu probabilmente il primo nucleo d’espansione benedettina. La sua fondazione è sicuramente precedente al Mille e fece parte dell’Abbazia di Farfa. Dopo un lungo periodo di grande importanza, nel XIV secolo, a seguito delle lotte fra le fazioni assisane iniziò la sua decadenza e diventò dimora solo di qualche eremita. Gran parte dei beni superstiti furono venduti in pubblica asta. Nel 1945 don Anselmo Job, priore di S. Pietro di Assisi, riscattò ciò che rimaneva del monastero e procedette con i lavori di restauro. La nuova chiesa di S.Apollinare fu edificata all’inizio del XVII secolo, nel luogo in cui erano visibili i ruderi della struttura primitiva, risalente al VI secolo, quando la dominazione Bizantina in quest’area favorì la diffusione del culto del santo ravennate. Al suo interno si conserva una seicentesca Madonna del Rosario, uno stendardo di Girolamo Marinelli e un busto-reliquario d’antica data ( forse 1198 ) raffigurante il S.Patrono. Un’antica credenza popolare vuole che anche in questa chiesa in passato fossero custodite le reliquie del santo. Dopo il terremoto del 1997, durante i lavori di sbancamento e livellamento per la creazione di un’area d’emergenza per i terremoti della zona, è stata scoperta, in un terreno vicino alla piccola chiesa di S.Maria della Speranza, una grande Necropoli,  di epoca romana, dove è stata individuata una serie di sepolture di cui una a cassone litico nella parte centrale dell’area e le altre alla cappuccina e a fossa terragna, nella sezione verticale dello sbancamento dell’area.